1956年8月29日，山南基巧级办事处成立，下设有文化教育科，主管文化与教育工作。1959年12月22日，山南专员公署成立，仍下设文化教育科。1963年，山南专员公署文教科与卫生科合并，升格为文教卫生局，主管山南文化、教育及卫生事业。“文化大革命”开始后，文教机构瘫痪。1969年3月28日，山南地区革命委员会成立，文教卫生局被撤销，文教工作由当时地区革命委员会下属的四大组之一政工组负责。1972年，山南地区革命委员会设立文教局，仍隶属政工组。1978年10月，山南地区行政公署成立，下设文教局，直属地区行政公署领导。1984年7月，文化、教育分开设局，山南地区教育局成立。1987年4月，山南地区教育局与山南地区体育运动委员会合并成为山南地区教育体育委员会，负责管理全地区教育、体育事业。

　　根据《中共西藏自治区委员会办公厅关于印发＜山南地区地县乡（镇）机构改革方案＞的通知》（藏委厅[2002]19号）精神，2002年8月，设置山南地区教育体育局，为山南地区行署主管全地区教育、体育事业的工作部门。

　　山南地区教育体育局的主要职能：一是贯彻执行国家和自治区的教育、体育方针、政策和法规，研究制定地区教育、体育工作措施和制度，并组织实施，推进全地区教育、体育事业的健康发展。二是研究制定地区教育、体育事业的发展规划及年度计划，合理设置教育布局，调整教育结构；拟定教育改革的实施办法和意见，并组织实施。三是会同地区有关部门拟定教育体育经费筹措及管理办法；负责地区教育体育事业费、基建投资的预算安排及管理工作；负责全地区教育体育事业发展与经费分配的综合协调和监控工作。四是指导、协调各县教育、体育工作；组织对普及义务教育、扫除青壮年文盲工作的督导、评估；指导办学体制、学校内部管理体制的改革。五是规划、指导各级各类学校的教师和教育行政干部队伍的建设工作；管理各级各类学校教师专业技术职务评聘和各级各类教师的资格认定工作，负责全地区师资的调配、区外师资引进及学校编制管理工作。六是管理指导各级各类学校的“五育”工作及勤工俭学、校舍建设和教学设施设备工作，普及义务教育，扫除青壮年文盲，推进并指导中小学“双语”教学工作和普通话推广工作。七是统筹管理各级各类学校的招生考试录取、自学考试和评优评先的审核工作，负责学籍管理和师范类大中专毕业生就业分配等工作。八是负责局系统的对外教育合作与交流，协助有关省市和学校办好内地西藏班（校）。九是组织、指导本地区教育教学研究和教学改革，指导教育、体育信息的统计的分析工作。十是统筹管理全地区初级职业教育、中等职业学校教育、农牧区技术教育及农牧区教育改革工作；协调管理社会力量办学工作，参与职业教育师资队伍建设工作。另外承办行政公署交办的其它事项。

　　根据上述职责，地区教育体育局内设办公室、政工人事科、纪委（监察室）、基础教育科、职业教育科、体育科、计划财务审计科、教育督导室、德育教育科等9个行政机构和招生办公室、教研室、电教馆等3个事业机构。编制总数51名，其中行政编制24名，事业编制24名，后勤事业编制3名。局领导职数5名，内设科级领导职数24名。